Храм построен в память чудесного спасения Цесаревича Николая (будущий святой страстотерпец царь Николай II). 29 апреля 1891 года во время проезда Наследника Цесаревича через город Отсу в Японии был ранен.
В первую годовщину покушения на Цесаревича по благословению митрополита Исидора /Никольского/ состоялась закладка храма. Архитектор – В.А.Косяков. 29 апреля 1899г. состоялось освящение главного придела храма. Чин освящения совершил митрополит Антоний /Вадковский/, среди сослужащих ему священников молился святой праведный Иоанн Кронштадтский. В мае 1899 года был освящен левый придел в честь святителя Николая Чудотворца, а 18 июля 1899 года освящен правый придел в честь преподобного Иоанна спостника.
Трехпрестольный храм Богоявления вмещает до 700 человек. Алтарная часть отделялась одноярусным иконостасом, выполненным из фаянса на знаменитой фарфоровой фабрике М.С.Кузнецова, и отмечен был наградой на Всемирной Выставке в Париже в 1900г. Запрестольный образ Тайной Вечери написанный во всю алтарную стену виден с любого места в храме. Выше над Тайной Вечерей, образ Крещение Господне, изображенные на нем берега Иордана и окружающий пейзаж были выполнены А.С.Сланцевым с натуры, для чего он специально ездил в Палестину.
В главном куполе барабана на высоте более 30 метров написан образ Спасителя. В нижней части барабана, помещался аркатурно-колончатый пояс, интерколюмнии которого были заполнены 32 иконами – праотцы, пророки и апостолы. Настенная живопись храма была выполнена А.С. Славцевым, орнаментальная роспись – К.Н.Бутаковым, иконы в киотах и барабане написаны – А.М. Постниковым.
Для освещения здания была разработана уникальная система электрического оборудования на 450 лампочек. Интерьер храма освещали три бронзовых золоченых паникадила высокохудожественной работы.
Первые десятилетия после освящения, прекрасно устроенный храм, жил сравнительно счастливой жизнью. Все было прочно, ново и чисто. Тогда казалось, что все будет вечно прекрасно…
Но борьба советской власти с религией не обошла стороной храм Богоявления. 5 мая 1935г. постановлением ВЦИК храм был закрыт. С этого времени начинается его безжалостное разорение. На долгие 56 лет церковные стены превратились в немых свидетелей правления безбожной власти. Фаянсовый иконостас, иконы, церковная утварь – были полностью уничтожены. Здание храма использовалось под овощной склад, мыловаренный завод, склад Фрунзенского универмага.
4 января 1991г. была зарегистрирована Православная община Церкви Богоявления на Гутуевском острове. 19 апреля 1991г. Церковь Богоявления взята под охрану государства как памятник истории и культуры. Распоряжением мэра Санкт-Петербурга №99-р 12 ноября 1991г. Храм передан Православной общине. 19 января 1992г. в престольный праздник Богоявления в храме состоялось Великое освящение воды. С марта 1992г. стали совершаться регулярные богослужения.
Восстановление церковной приходской жизни и реставрация поруганной святыни – это две главные задачи, стоящие перед Приходским советом храма Богоявления Господня.
Продолжение дорогостоящих ремонтно-реставрационных работ как прежде, так и теперь, главным образом зависит от благотворительной помощи тех организаций, фирм и частных лиц, которые в наше время достаточно твердо стоят на ногах и могут себе позволить думать и заботиться не только о хлебе насущном, но и о духовном будущем России.
14 марта 1998 года милостью Божией в храме было засвидетельствовано чудо обновления иконы Рождества Христова. Ранее тёмная икона, засияла обновлёнными красками и позолотой, как после тщательной реставрации. Однако слой пыли и копоти, подтёки лампадного масла и застывшие капельки воска, выявленные на поверхности иконы при осмотре, свидетельствовали о том, что к ней не прикасалась рука реставратора. Специальная Епархиальная комиссия засвидетельствовала это чудо.